Lấy bối cảnh vào khoảng năm 1933, Vượt qua bến Thượng Hải xoay quanh cuộc hành trình đầy gian nan, thử thách của lãnh tụ Nguyễn Ái Quốc từ Hong Kong tới Hạ Môn, Thượng Hải và tìm đường sang Liên Xô. Để tránh né sự truy lùng của mật thám Pháp và chính quyền Tưởng Giới Thạch, Nguyễn Ái Quốc và người cộng sự tên Hổ tạm lánh vào trong tư dinh của ông Long - một người Hoa giàu có ở thành phố Hạ Môn. Tại đây, Người nhận được sự chăm sóc và bảo vệ bí mật của nữ bác sĩ Phương Thảo, người gốc Hội An. Tuy nhiên, lúc này mật thám Pháp đã bí mật thuê sát thủ tên Ngũ Lang tìm cách ám sát Nguyễn Ái Quốc trước khi Người có cơ hội tới Liên Xô...